Valsts kanceleja izstrādājusi instrukciju „Valsts pārvaldes funkciju audita plānošanas un veikšanas kārtība”, kas noteiks funkciju audita plānošanu un veikšanu, iesaistītas institūcijas, to pienākumus un atbildību, kā arī audita ieteikumu ieviešanu.
Funkciju audita sagatavošanu un uzraudzību nodrošinās Funkciju audita komisija, kurā darbosies Valsts kancelejas direktors, Finanšu, Tieslietu, Reģionālās attīstības un pašvaldību lietu ministrijas valsts sekretāri, Ministru prezidenta pārstāvis, nevalstisko organizāciju pārstāvis, Latvijas Darba devēju konfederācijas, Latvijas Brīvo arodbiedrību savienības, Saeimas valsts pārvaldes un pašvaldību lietu komisijas, Latvijas Pašvaldību savienības un Valsts prezidenta Stratēģijas analīzes komisijas pārstāvji.
Pirmais komisijas uzdevums būs izstrādāt funkciju audita plānu vienam gadam, kurā jānosaka auditu apjomu un priekšmetus, veikšanas laikus, auditam pakļautās iestādes. Funkciju auditu plānu apstiprina Ministru kabinets.