2009.gadā Vides ministrija būtiski reorganizēja savas struktūras. VK konstatēja, ka ir gan panākts ikmēneša ietaupījums Ls 56 395 apmērā apvienojot Latvijas Vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas aģentūru un Bīstamo atkritumu pārvaldības valsts aģentūru, gan par Ls 15 854 palielināti vidējie mēneša izdevumi citai iestādei - Dabas aizsardzības pārvaldei.
VK norāda arī uz normatīvo aktu pārkāpumiem, nepamatoti izmaksājot atvaļinājuma kompensācijas Ls 55 593 apmērā reorganizēto iestāžu darbiniekiem, kuri turpināja darbu minēto iestāžu tiesību un saistību pārņēmējā – SIA "Latvijas Vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas centrs". Kā neekonomisku un neefektīvu budžeta līdzekļu izlietošanas piemēru VK uzsver rīkojuma izdošanu par atlaišanas pabalsta izmaksu Ls 1900 apmērā reorganizētās iestādes - Latvijas Vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas aģentūras direktoram, tajā pašā dienā ieceļot minēto personu par jaunizveidotās SIA valdes locekli.
Lai gan jau pērn 1.jūlijā tika pieņemts lēmums par Latvijas Vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas aģentūras likvidāciju, 2009. gada jūlijā vēl tika iepirkti pamatlīdzekļi Ls 5533 apmērā, kas norāda uz iespējamu valsts budžeta līdzekļa izlietošanu jaundibināmā SIA vajadzībām.
VK konstatēja, ka nav izveidots arī efektīvs jaunizveidotās SIA "Latvijas Vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas centrs" pārraudzības mehānisms, jo kapitālsabiedrībai 2009. gadā piešķirtās valsts budžeta dotācijas daļa Ls 160 890 apmērā ir izlietota neatbilstoši paredzētajam mērķim, tajā skaitā nepamatoti palielinot izdevumus atlīdzībai.
VK arī konstatēja, ka 2009. gadā SIA "Latvijas Vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas centrs" par vienu un to pašu valsts uzdevumu izpildi ir saņēmusi finansējumu Ls 58 490 apmērā gan no valsts budžeta dotācijas, gan no Latvijas vides aizsardzības fonda.
Revīzijā konstatēts, ka likvidējot Latvijas Vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas aģentūru un Bīstamo atkritumu pārvaldības valsts aģentūru un savlaicīgi neinformējot Eiropas Komisiju, ir pārkāpti ES atbalsta saņemšanas nosacījumi, un radīts papildu saistību risks valsts budžetā vismaz Ls 1 023 549 apmērā, sakarā ar ES finansēto projektu rezultātā izveidoto un iegādāto pamatlīdzekļu atsavināšanu.