Vienlaicīgi ministrija uzsvēra, ka Latvija veic kompleksus pasākumus inovāciju kapacitātes celšanai - gan caur atbalstu zinātniskajai infrastruktūrai, gan pētniecībai, gan jaunu produktu izstrādei un ieviešanai ražošanā.
Tāpat Finanšu ministrija piekrīt EK viedoklim, ka bieža grozījumu veikšanas ES fondu darbības programmās nav vēlama. "Tai pat laikā jāuzsver, ka šie grozījumi ļāva Latvijai pietiekoši fleksibli pielāgoties krīzes radītajām sekām, piemēram, pārdalot finansējumu nodarbinātības veicināšanai un citām tautsaimniecību stimulējošām nozarēm," teikts ministrijas paziņojumā.
Finanšu ministrija gan noraida, ka šī brīža ES fondu apguves progress atšķirtos no plānotajiem mērķiem. "Saprašanās memorandā ar EK noteiktās saistības 2011.gadam attiecībā uz ES fondu apguvi ir par 98% izpildītas. Pēc jaunākajiem datiem Latvija starp ES jaunajām dalībvalstīm ierindojas sestajā vietā pēc atmaksām no EK valsts budžetā," skaidroja ministrijas pārstāve.
"Plašsaziņas līdzekļos izskanējusī informācija par to, ka Latvija no EK ir saņēmusi vēstuli, kurā tiek kritizēta ES fondu apguve Latvijā, ir darba līmeņa dokuments, kurā EK ir fiksējusi divpusējās tikšanās (pagājušā gada 8.novembrī) starp Latvijas un EK pārstāvjiem sarunu rezultātu. Vēstule neparedz nekādas sankcijas Latvijai, bet ietver EK vērtējumu par ES fondu darbības programmu "Uzņēmējdarbība un inovācijas" un "Infrastruktūra un pakalpojumi" ieviešanu. Dati, uz ko EK atsaucas vēstulē par ES fondu darbības programmu īstenošanu Latvijā, ir nekorekti. Arī pati EK vēstulē norāda, ka tās rīcībā esošie dati varētu būt nepilnīgi," teikts ministrijas paziņojumā.
Finanšu ministrija atzina, ka attiecībā uz EK norādi par lielo projektu īstenošanu darbības programmas "Infrastruktūra un pakalpojumi" ietvaros, var piekrist, ka pastāv problēma ar savlaicīgu projektu, piemēram, par Rīgas piepilsētas dzelzceļa pasažieru pārvadājumu sistēmas modernizāciju un infrastruktūras attīstību Krievu salā uzsākšanu un turpmāko īstenošanu. "Taču, neraugoties uz to, kāds lēmums tiks pieņemts attiecībā uz Pasažieru vilciena iepirkumu, joprojām būs iespēja ES finansējumu efektīvi izmanot," sacīja ministrijas pārstāve.
Par vēstules saturu informētas arī valsts augstākās amatpersonas, un par šo jautājumu runāts arī pagājušās nedēļas EK pārstāvniecības Latvijā Innas Šteinbukas tikšanās reizēs ar Valsts prezidentu Andri Bērziņu un Ministru prezidentu Valdi Dombrovski (Vienotība).