Muzeja pārstāvji uzskata, ka pašlaik, kad vairāki Latvijas mēroga redzami arhitekti aktīvi cenšas apstādināt ēkas rekonstrukcijas projektu, lūgums piešķirt ēkai aizsargājamu statusu, izskatās pēc vēl viena taktiska manevra šī mērķa sasniegšanai.
Kā norādīja muzejā, ēka, būvējot Melngalvju namu, ir zaudējusi daļu no sava apjoma un vairs nav tās sākotnējā izskatā, kāda tā tika uzbūvēta 1970.gadā. Tas pats esot attiecināms arī uz laukumu, kas ir zaudējis daļu no sākotnējā apjoma, tādēļ ēku vairs nevar nosaukt par brīvstāvošu objektu tā patiesajā nozīmē.
Muzeja ēka, pēc tā pārstāvju teiktā, ir tikai daļa no autoru iecerētā memoriāla kompleksa, kas veltīts latviešu sarkanajiem strēlniekiem. Komplekss netika uzbūvēts pilnībā. Tāpat muzejs uzsvēris, ka 1999.gadā Rīgas dome izdeva rīkojumu muzeju nojaukt kā vidi degradējošu objektu. Pateicoties Okupācijas muzeja aktīvai rīcībai, kā arī vairāku citu sabiedrības grupu līdzdalībai, ēku tomēr nenojauca.