Petuhovu, kuram bija izraisījies konflikts ar Jukos, 1998.gada 26.jūnijā nogalināja nolīgts slepkava.
Krimināllietās, kas ir saistītas ar šo slepkavību, notiesāts bijušais Jukos apsardzes darbinieks Aleksejs Pičugins, kā arī aizmuguriski Jukos lielākais akcionārs Leonīds Ņevzļins.
Izmeklēšanas komiteja jūnijā paziņoja, ka ir atsākta Petuhova slepkavības lietas izmeklēšana "sakarā ar jaunatklātiem apstākļiem", bet augustā uz nopratināšanu tika izsaukts Mihaila Hodorkovska tēvs Boriss.
Krievijas Izmeklēšanas komitejas preses sekretāra Vladimira Markina izplatītajā paziņojumā teikts, ka policija nonākusi pie secinājuma, ka Hodorkovskis, finansiālu motīvu vadīts, pasūtījis Petuhova slepkavību saviem padotajiem.
Hodorkovskis savu saistību ar Petuhova slepkavību noliedz.
Krievijas Izmeklēšanas komitejas Galvenās izmeklēšanas pārvaldes darbinieki otrdien veica kratīšanas Hodorkovska vadītā fonda Atvērtā Krievija darbinieku, kā arī Hodorkovska preses sekretāres Kulles Pispanenas dzīvokļos.
Izmeklēšanas komitejā apliecināja, ka izmeklēšanas darbības tiek veiktas "tā dēvētās Jukos pamatlietas ietvaros".