Trīspirkstu kaija Latvijā pirmo reizi konstatēta 1983. gada 1.novembrī. Līdz šim tā Latvijā redzēta vismaz 141 reizi, tomēr galvenokārt oktobrī un novembrī Liepājas rajona piekrastē. Rīgas jūras līcī līdz šim novērota tikai trīs reizes. Trīspirkstu kaija ir izplatīta Atlantijas un Klusā okeāna ziemeļu daļas piekrastēs, kā arī Ziemeļu ledus okeāna salās un vietām arī tā piekrastē.
Latvijā pavisam sastopama 341 putnu suga, jaunākās no tām ir šā gada 17.maijā novērotais stepes ērglis un 19.maijā pamanītais lopu gārnis.