Komponists miris savās mājās Krakovā pēc ilgas slimības – paziņojusi komponista atraitnes Elžbetas Pendereckas dibinātā Ludviga van Bēthovena asociācija. Penderecki bija stipra ģimene, viņu dombiedrība un laulība ilga 55 gadus.
Kšištofa Penderecka radošajā mantojumā ir četras operas, astoņas simfonijas un daudz citu skaņdarbu. Starptautiski pazīstams komponists kļuva ar 1960. gada avangardisko darbu Raudas par Hirosimas upuriem/Tren ofiarom Hiroszimy, par kuru saņēma ANO izglītības un kultūras organizācijas (UNESCO) balvu, un ar 1966. gadā radīto Sv. Lūkas pasiju.
Viens no monumentālākajiem Penderecka darbiem ir Poļu rekviēms, kuru viņš rakstīja 25 gadus – no 1980. līdz pat 2005. gadam. Viņa mūzika izmantota arī vairākās pazīstamās filmās: Garu izdzinējs (1979), Mirdzums (1980), Iekšzemes impērija (2006). Komponista bagātais radošais mūžs ticis cildināts ar daudzām prestižām balvām. To vidū ir arī trīs balvas Grammy, tās piešķirtas 1987., 1998. un 2001. gadā. Leģendāra bija komponista radošās pozīcijas un mūzikas valodas maiņa, principiāli pieliekot punktu sākotnējam modernismam.
"Kad biju jauns, tad biju ideālists un domāju, ka māksla, mūzika var mainīt pasauli. Tagad tā vairs nedomāju (...) Mūsu gadsimta beigas nav atklājumu laiks. Tas ir sintēzes laiks, kad komponistam jāprot paņemt visu no visa. Līdzīgi bija arī iepriekšējo gadsimtu mijā, kad strādāja Gustavs Mālers. Nākotnes mūzika balstīsies dažādas pieredzes sintēzē," lielmeistars teica intervijā SestDienā 1999. gada maijā.
"Manuprāt, visbūtiskākā avangarda mūzikas attīstība bija no 50. gadu beigām līdz 70. gadu sākumam. Tas bija vissatraucošākais laiks, tolaik mūzikā notika viss, tā bija jaunās mūzikas dzimšana. Mēs to izdarījām, attīstījām jaunu mākslas valodu. Taču pēc šī sprādziena ir pieklusums. Kopš tā laika nekā īsti jauna mūzikas attīstībā vairs nav. Jā, ir tapusi laba mūzika, bet nav tā uzbudinājuma, ka esi kaut kā jauna un ļoti svarīga viducī. (...) Nav iespējams vienmēr rakstīt pa jaunam, tas būtu māksloti, neīsti. Nedomājiet par to! Pašlaik ir stabilitāte: ir mazāk eksperimentu, taču varbūt tieši tagad top daudz vērtīgāka, nozīmīgāka mūzika. Viss jau ir uzrakstīts pirms mums, taču, ja es par to domātu, nespētu uzrakstīt nevienu noti," komponists atzina 2014. gadā sarunā Kultūras Dienā.
Toruden viņš Latvijā bija Starptautiskā Garīgās mūzikas festivāla īpašais viesis. Savulaik skaudri rakstošā, par Polijas likteni raižpilnā komponista pozīcija jau bija cita: "Pat ja mani darbi saistīti ar šodienu, es nerakstu vēstures notikumu hroniku. Es rakstu mūziku. Vissvarīgākā ir forma, nevis vēstījums. Skaņdarba vēstījums man ir personiska, ļoti privāta lieta. Tas nav atkarīgs no pašreizējās situācijas."
Līdzās mūzikai Kšištofa Penderecka lielā mīlestība bija mežs un koki. "Es to vairs nesaucu par hobiju, jo daru to profesionāli. Sāku stādīt savu arborētumu – koku kolekciju – pirms četrdesmit gadiem. Tas ir nebeidzami, jo vienmēr atradīsies koks, kāda man vēl nav, un arī mīlestība uz kokiem ir nebeidzama. Īsti pat vairs nezinu, cik koku esmu iestādījis – varētu būt ap 50 000 koku un ap 1800 koku veidu," viņš atklāja Kultūras Dienai.
Ģimenes īpašuma teritorijā Luslavicē 2013. gadā atklāja Kšištofa Penderecka Eiropas Mūzikas centru. Tajā ir koncertzāle ar 700 klausītāju vietām, kamerzāle, studentu kopmītne, vingrināšanās klases – viss jauno mūziķu izglītībai.