VK konstatējusi arī, ka tā arī nav sakārtota IZM nekustamo īpašumu uzskaite, kuru kopējā vērtība pēc ministrijas aprēķiniem ir tuvu pie 100 miljoniem latu. Tomēr VK neguva pārliecību, ka tā ir atspoguļota patiesi, jo uzskaite veikta pēc dažādām metodēm, kas ir pretrunā ar normatīvo aktu nosacījumiem. Jau iepriekš vairākkārtīgi VK revīzijās norādījusi uz nesakārtotajiem īpašumiem IZM, taču arī šogad pārmetumi saglabājušies
Revīzijas ietvaros IZM padotības iestādē Ventspils 20.arodvidusskolā tika konstatēts krāpšanās risks attiecībā uz Eiropas Savienības piešķirto finanšu līdzekļu izlietojumu, kā arī tas, ka netiek nodrošināta saimniecisko darījumu apkopošana grāmatvedības uzskaites reģistros. IZM arī nekontrolē, kā tiek tērēts zinātniskajiem pētījumiem paredzētais finansējums. IZM izdevumiem par Tirgus orientētajiem pētījumiem Ls 717 583 apmērā nav attaisnojuma dokumentu, bet fundamentālajiem un lietišķajiem pētījumiem, kā arī valsts pētījumu programmām piešķirtā finansējums tiek tērēts tādām lietām kā automašīnas portatīvās navigācijas sistēmas iegādei, autovadītāju kursiem un sadzīves tehnikas iegādei.
VK arī aizrādījusi par kontroles trūkumu mērķdotāciju pašvaldībām izlietojumā , kā arī par zinātnisko institūciju bāzes finansējuma aprēķināšanu, piešķiršanu un izlietojuma kontroli.
IZM tika konstatēta arī nepilnīga kontrole pār dienesta transportlīdzekļu izmantošanu - netiek nodrošināta izdevumu dienesta transportlīdzekļu lietošanai caurskatāmība, kas VK vedina domāt par krāpšanas risku. IZM ceļazīmes tiek aizpildītas nepilnīgi un neregulāri: vairākās ceļazīmēs automašīnas lietotājs nav parakstījies par katru maršrutu, ar vienu parakstu parakstījies par vairākām dienām, kā arī ceļazīmēs norādīts, ka šoferis braucis vienlaikus ar divām automašīnām.
Jau iepriekš ziņots, ka VK arī izteica pārmetumus par mobilo telefonu limitiem ministrijas darbiniekiem, kas svārstās no 60 līdz pat 300 latiem, turklāt IZM netiek kontrolēta mobilo tālruņu limitu ievērošana, līdz ar to pastāv risks, ka valsts budžeta līdzekļi tiek izlietoti neefektīvi.
IZM nav izstrādāta kārtība, kas nosaka, kādus izdevumus iestāde attiecina uz reprezentācijas izdevumiem: IZM un tās padotības iestādes uz reprezentācijas izdevumiem attiecina gan cirka biļetes darbinieku bērniem, gan pusdienas sadarbības veicināšanai Latvijas izglītības politikas jautājumos starp IZM un Izglītības un zinātnes darbinieku arodbiedrību, gan sadarbības veidošanai starp IZM un Valsts prezidenta kanceleju, gan galda lampas un sulu spiedes, gan tautas tērpu kreklu darināšanu, gan dejotāju kurpju un zābaku izgatavošanu, gan biedru naudu sporta klubā, kā arī soda naudu Pārtikas veterinārajam dienestam.