Bet apstrīdētā norma – 10. panta trešās daļas trešais teikums – paredz, ka noteikums par draudzes autonomo darbību neattiecas uz tām konfesijām, kuru kanoniskie noteikumi nepieļauj autonomu draudžu darbībuLieta ir ierosināta pēc Administratīvās rajona tiesas pieteikuma. Tiesa izskatīja lietu par Reliģisko lietu pārvaldes (RLP) atteikumu reģistrēt Svētītāja Joanna jaunmocekļa Rīgas arhibīskapa Latvijas pareizticīgo autonomo draudzi. RLP atteikums bija citastarp pamatots ar to, ka Latvijā jau pastāv Latvijas Pareizticīgā baznīca un tās kanoniskie noteikumi nepieļauj autonomu draudžu darbību. Administratīvā rajona tiesa pieteikumā norādīja, ka reliģiskās organizācijas nereģistrēšana var radīt tiesību uz reliģijas brīvību aizskārumu, proti, valstī pastāvot reliģisko organizāciju reģistrācijas sistēmai, tikai likumā noteiktajā kārtībā reģistrētās reliģiskās organizācijas iegūst pilntiesīga tiesību subjekta statusu un var baudīt ar šo statusu saistītās priekšrocības un labumus, to skaitā, tiesības netraucēti lietot reliģiskos simbolus un izpildīt reliģiskas ceremonijas, iegūt īpašumu, aizsargāt savas mantiskās tiesības tiesā, u.tml. Tiesa uzskata, ka apstrīdētajā normā paredzētais ierobežojums autonomo draudžu darbībai esot noteikts izrādot sevišķu labvēlību pret jau reģistrētām reliģiskām savienībām, vēloties tās pasargāt no šķelšanās. Tomēr tāda iejaukšanās reliģijas brīvībā neesot attaisnojama vai nepieciešama demokrātiskā sabiedrībā. Saeima ir uzaicināta līdz 2009.gada 20.jūlijam iesniegt atbildes rakstu ar lietas faktisko apstākļu izklāstu un juridisko pamatojumu. Lietas sagatavošanas termiņš ir 2009.gada 18.septembris.
Satversmes 99.pants noteic: "Ikvienam ir tiesības uz domas, apziņas un reliģiskās pārliecības brīvību. Baznīca ir atdalīta no valsts."