Glābjot augstskolas reputāciju

Lai arī atbildīgie skaidroja, ka Muižnieka ievēlēšana esot notikusi tā, kā tai bija jānotiek, ceturtdien notika vēlēšanu otrā kārta. Šoreiz Muižnieks bija vienīgais kandidāts, un viņu atbalstīja lielākā daļa Satversmes sapulces dalībnieku. 

Šīs LU rektora vēlēšanas varēja saukt par skandalozām, vēl pirms tās vispār bija notikušas. Proti, aptuveni nedēļu pirms vēlēšanām atklātībā nonāca trauksmes cēlāja ziņojums, apsūdzot Muižnieka sāncensi – LU Biznesa, vadības un ekonomikas fakultātes dekānu, profesoru Gundaru Bērziņu – plaģiātismā, rakstot promocijas darbu. Pats Bērziņš visas aizdomas noraidīja, pārmetot arī LU izdarīto kaitējumu viņa reputācijai, informāciju par trauksmes cēlāja ziņojumu padarot publiski pieejamu. Vēlēšanu dienā, 24. maijā, par Muižnieka kandidatūru nobalsoja vairāk Satversmes sapulces dalībnieku nekā par Bērziņu – attiecīgi 141 un 128 balsis. Tomēr Muižnieka ievēlēšanu apšaubīja, jo par viņu nebija nobalsojuši vismaz puse no 286 balsojušajiem Satversmes sapulces dalībniekiem. Turklāt 143 dalībnieki bija pret. Šādos apstākļos vispirms no tribīnes paziņoja, ka nav ievēlēts neviens no kandidātiem, savukārt vēlāk apgalvoja, ka Muižnieks tomēr ir pārvēlēts rektora amatā, jo svarīgākais esot tas, ka viņam ir vairāk balsu nekā otram pretendentam, nevis tas, ka pret viņu ir vairāk balsu nekā par. Taču 30. maijā paziņoja, ka 6. jūnijā tiks sasaukta Satversmes sapulces ārkārtas sēde, lai sapulces dalībniekiem varētu izskaidrot vēlēšanu rezultātus. Sēde gan noslēdzās ar rektora vēlēšanu otro kārtu, kurās Muižnieks bija vienīgais kandidāts kā pirmajā vēlēšanu kārtā visvairāk balsu ieguvušais kandidāts.

Kā aģentūrai LETA skaidroja LU vēlēšanu komisijas pārstāvis, ceturtdien bijusi rektora vēlēšanu otrā kārta, kas faktiski nozīmē, ka iepriekšējais balsojums atzīts par beigušos bez rezultāta. Otrajā balsošanas kārtā Satversmes sapulces delegāti balsoja par to, vai  Muižnieku atkārtoti ievēlēt amatā. Šoreiz par Muižnieku kā vienīgo kandidātu balsoja 132 Satversmes sapulces dalībnieki, pret bija 112 delegātu, bet deviņas balsošanas zīmes atzītas par nederīgām un to skaits ierēķināts pret ievēlēšanu balsojošo zīmju kopskaitā.