Galvenās izmaiņas plānotas saistībā ar stratēģiskā iepirkuma organizāciju, datu analīzes kapacitātes stiprināšanu, uzraudzības funkciju uzlabošanu atbilstoši pacientu interesēm un kvalitatīvas veselības aprūpes procesa organizācijai, kā arī starptautisko konvenciju prasībām atbilstošas antidopinga sistēmas nodrošināšanu.
Reorganizācijas rezultātā paredzēts, ka valsts budžeta līdzekļu izlietojuma uzraudzību veselības nozarē un līgumu par valsts apmaksāto veselības aprūpes pakalpojumu sniegšanu izpildes uzraudzību veiks viena iestāde – Nacionālais veselības dienests. Savukārt Veselības inspekcija pārņems atlīdzības prasījumu izskatīšanu un lēmumu pieņemšanu par atlīdzības izmaksām iedzīvotājiem no Ārstniecības riska fonda. Atlīdzības izmaksu atbilstoši Veselības inspekcijas lēmumam nodrošinās Nacionālais veselības dienests.
Slimību profilakses un kontroles centrs tiks attīstīts kā metodiskais atbalsts ārstniecības iestādēm ārstniecības kvalitātes un pacientu drošības jautājumos. Ņemot vērā, ka ārstniecības kvalitātes un pacientu drošības jautājumi ir cieši saistīti ar ārstniecībā izmantojamām klīniskajām vadlīnijām, klīniskiem algoritmiem, klīniskiem ceļiem un indikatoriem, lai nodrošinātu pilnvērtīgu metodiskā atbalsta funkciju, Slimību profilakses un kontroles centram no Nacionālā veselības dienesta plānots nodot klīnisko vadlīniju izvērtēšanas un reģistrēšanas funkcijas.
Savukārt ārstniecībā izmantojamo medicīnisko tehnoloģiju apstiprināšanu un izvērtēšanu, kā arī ārstniecībā lietojamo zāļu, medicīnisko ierīču un medicīnisko tehnoloģiju izmaksu efektivitātes novērtēšanas funkcijas paredzēts nodot Zāļu valsts aģentūrai. Ņemot vērā, ka lielāko daļu medicīnisko tehnoloģiju (zāļu un medicīnisko ierīču) novērtēšanu un apstiprināšanu veic Zāļu valsts aģentūra, lietderīgāk un efektīvāk šo funkciju īstenošanu ir koncentrēt vienā iestādē.
Tāpat paredzēts likvidēt Valsts sporta medicīnas centru, uz tā bāzes izveidojot Latvijas Antidopinga biroju, kas turpmāk būs atbildīgs par dopinga kontroles un ierobežošanas jautājumiem saskaņā ar 2005. gada 19. oktobra Starptautisko konvenciju pret dopingu sportā un 1989. gada 16. novembra Eiropas Padomes Antidopinga konvenciju Nr.135. Savukārt Valsts sporta medicīnas centra īstenotās veselības aprūpes funkcijas tiks nodotas Bērnu klīniskajai universitātes slimnīcai.
Veselības ministrijas padotības iestāžu reorganizācija paredzēta no šā gada 1. jūlija.