Cerars sacīja, ka ir nosūtījis savu atlūgumu parlamentam.
"Spēki no pagātnes neļauj mums strādāt nākotnes paaudžu labā. Es iesniedzu atlūgumu," paziņoja Cerars.
Slovēnijas Augstākā tiesa pirms tam trešdien nolēma, ka valdības atbalsts šim projektam referenduma kampaņas laikā bijis vienpusīgs un var būt ietekmējis tā iznākumu.
Pērn septembrī notikušajā referendumā tika apstiprināts valdības plāns uzbūvēt 27 kilometrus garu dzelzceļa posmu starp Adrijas jūras ostas pilsētu Koperu un Divačas transporta mezglu pie Itālijas robežas.
Projekta izmaksas aplēstas uz miljardu eiro, un valdība cerēja sākt to realizēt vēl pirms vasaras iestāšanās.
Referenduma iniciators bija slovēņu aktīvists un blogeris Vili Kovačičs, kurš arī vērsās Slovēnijas augstākajās tiesu instancēs par tā kampaņas laikā pieļautiem pārkāpumiem.
Augstākās tiesas lēmums ir kārtējais trieciens 54 gadus vecajam Ceraram, kura vadīto Moderno centra partiju (SMC) gaida smaga cīņa nākamajās parlamenta vēlēšanās, kurām būtu jānotiek jūnijā vai jūlijā.
Cerars premjera krēslā sēdās 2014.gadā, kad viņa nule kā dibinātā partija guva pārliecinošu uzvaru parlamenta pirmstermiņa vēlēšanās, solot paglābt Slovēniju no ekonomiskās krīzes.
Tomēr pēdējos mēnešos valstī piedzīvotas vairākas krīzes, kas palielinājušas spiedienu uz valdību. Notikuši arī valsts sektorā strādājošo streiki.
Cerars sacīja, ka Augstākās tiesas lēmums bijis "ūdens pile, kā dēļ vāze pārplūdusi".
Viņš norādīja, ka prezidentam Borutam Pahoram jāizlemj, vai jau tagad izsludināt parlamenta vēlēšanas.