Jakubs Šindels ir kādreizējā Čehoslovākijas hokeja izlases vārtsarga Jaromira Šindela dēls. Hokejista gaitas viņš uzsāka Prāgas Slavia klubā, pēc tam pārgāja uz klubu Sparta, kura sastāvā nepilnu 18 gadu vecumā 2003./2004.gada sezonā debitēja Čehijas ekstralīgā.
Pavisam Čehijas čempionātā nepilnu septiņu sezonu laikā trīs dažādu klubu sastāvā Šindels aizvadījis 248 spēles, gūstot 67 vārtus un atdodot 39 rezultatīvas piespēles. 2005./2006.gada sezonā viņš kļuva par Čehijas čempionu.
2008./2009.gada sezonas vidū Jakubs Šindels pārcēlās uz Somijas līgas klubu Lahti Pelicans, nākamajā sezonā viņš atkal atgriezās dzimtenē Brno klubā, bet pagājušo sezonu atkal aizvadīja Somijā, kur Pelicans sastāvā aizvadīja 63 spēlēs, guva 18 vārtus un atdeva 19 piespēles.
Pirms šīs sezonas Jakubs Šindels bija noslēdzis pārbaudes laika līgumu ar Šveices NLA līgas klubu Kloten, taču šīs komandas sastāvā aizvadīja tikai četras spēles, jo guva visai nopietnu sejas savainojumu, kuru šobrīd jau ir pilnībā sadziedējis. Šveices kluba vadība piedāvāja hokejistam slēgt pilnvērtīgu līgumu uz visu sezonu, taču Šindels izšķīrās par labu Rīgas Dinamo.