Patlaban 39 gadus vecais Zirnis kopš 2012. gada pildījis Latvijas hokeja valstsvienības galveno treneru asistenta pienākumus, strādājot kopā ar Tedu Nolanu, Aleksandru Beļavski un Leonīdu Beresņevu.
2015. un 2017.gadā bijis Latvijas junioru izlases galveno treneru palīgs.
Šogad Ērika Miļuna vadītā Latvijas U-20 izlase pasaules čempionātā augstākajā divīzijā palika pēdējā vietā, tādējādi izkrītot uz pirmās divīzijas A grupu.
"Zirnis vairākus gadus ir palīdzējis gan Latvijas pieaugušo izlasei, gan junioru izlasei un šobrīd diezgan sekmīgi vada junioru komandu ASV. Viņam ir pietiekoša pieredze un zināšanas, lai uzņemtos vadīt Latvijas U-20 izlasi pasaules čempionātā. Es esmu pārliecināts, ka Latvijas junioru izlase Kārļa Zirņa vadībā atgriezīsies elites divīzijā," LHF citē organizācijas prezidentu Aigaru Kalvīti.
Šobrīd Zirnis ir Ziemeļamerikas Hokeja līgas (NAHL) komandas Božersitijas-Šrīvportas Mudbugs galvenais treneris. Šī gada februāra beigās Zirnis tika iekļauts NAHL zvaigžņu spēles Select komandas sastāvā.
Spēlētāja karjeras laikā Zirnis pārstāvējis Latviju U-18 un U-20 izlases pasaules čempionātos.
Latvijas U-20 hokeja izlase jaunā galvenā trenera vadībā maija beigās piedalīsies Melnās jūras kausa izcīņā Sočos.