E. Orlandi nolaupīja joprojām nenoskaidrotas personas un uzskata, ka viņa tika nogalināta, tomēr meitenes mirstīgās atliekas nav atrastas. Atbilstoši vienai no versijām, meitenes slepkavībai bija jākļūst par brīdinājumu viņas tēvam. It kā neilgi pirms meitas nolaupīšanas Vatikāna kalpotājs bija atradis dokumentālus pierādījumus tam, ka Vatikāna banka ir saistīta ar noziedzīgām organizācijām. Domājams, ka Emanuelas Orlandi slepkavība tika pasūtīta ar mērķi likt viņas tēvam klusēt.
Atbildība par slepkavību tika piedēvēta kādam Enriko de Pedisam, Romas noziedzīga grupējuma Magliana līderim. E. de Pediss tika nogalināts apšaudes ar konkurējoša grupējuma pārstāvjiem laikā 1990. gadā. 2008. gadā aizdomas par saistību ar E. Orlandi nolaupīšanu krita uz arhibīskapu Polu Marcinku, bijušo Vatikāna bankas vadītāju. Tomēr šī informācija parādījās tikai pēc tam, kad P. Marcinks jau bija miris.
Aizdomas par Vatikāna saistību ar E. Orlandi nolaupīšanu sabiedrībā tāpat izsauca arī fakts, ka iespējamais slepkava E. de Pediss pēc nāves ar lielu godu tika apglabāts kapličā, kur parasti apglabā baznīcas pārstāvjus.
Atbilstoši vienai no versijām, Emanuelas Orlandi mirstīgās atliekas pat it kā tikušas apglabātas vienā kapā ar E. de Pedisu. Nogalinātās meitenes brālis Petro Orlandi ir vairākkārt paziņojis, ka uzskata par nepieciešamu veikt mafiozi kapa ekshumāciju, lai noskaidrotu, vai tajā neatrodas arī viņa māsas mirstīgās atliekas. Romas prokuratūra tomēr atsacījusies prasīt Vatikānam atļauju veikt E. De Pedisa kapavietas ekshumāciju.
Vatikāna pārstāvji turpina uzstāt, ka savulaik atklājuši policijai visu informāciju, kas attiecas uz meitenes nolaupīšanu. Vatikāns tāpat kategoriski noliedz policistu izteiktos pieņēmumus par arhibīskapa Pola Marcinka saistību ar E. Orlandi nolaupīšanu.