Tomēr tiesneši nolēma, ka Krievijas amatpersonas ir pārkāpuši Eiropas Cilvēktiesību konvencijā noteiktās tiesības uz taisnīgu tiesu, jo nedeva kompānijai pietiekami ilgu laiku sagatavot aizstāvību 2000.gadā, kad tiesā tika izvērtēti iespējamie kompānijas pārkāpumi nodokļu nomaksā.
Tāpat ECT nolēma, ka ir bijuši arī pārkāpumi, nosakot un aprēķinot sodus par nodokļu pārkāpumiem.
Tomēr tiesas spriedumā teikts, ka "nav norāžu par turpmākām problēmām vai nepilnībām tiesvedībās pret JUKOS, kas ļautu tiesai secināt, ka Krievija ļaunprātīgi izmantoja šīs tiesvedības, lai iznīcinātu JUKOS un pārņemtu kontroli pār tās īpašumiem".
"Tiesa secināja, ka JUKOS parāds, izpildot tiesvedības prasības, veidojās no Krievijas valdības likumīgas rīcības pret kompānijas mēģinājumu izvairīties no nodokļu maksāšanas," teikts ECT spriedumā.
"Tiesvedību laikā dažādu iesaistīto amatpersonu rīcība bija balstīta uz likumiem un tiesiskais nodrošinājums šajā jautājumā ir pietiekami precīzs un skaidrs, lai atbilstu [Eiropas Cilvēktiesību] konvencijas standartiem," uzsvērts ECT spriedumā.
1993.gadā Krievijas valdības dibināto kompāniju vairāku neatkarību naftas kompāniju pārņemšanai un pārvaldīšanai 90.gadu vidū privatizēja.
JUKOS pārstāvju prasības ECT tika iesniegta jau 2004.gada aprīlī, un tajā no Krievijas tiek pieprasītas kompensācijas 98 miljardu ASV dolāru (49 miljardu latu) vērtībā.
Bijušie kompānijas vadītāji apgalvo, ka 2006.gadā toreizējā prezidenta Vladimira Putina sabiedrotie JUKOS likvidējuši nelikumīgi, mēģinot nostiprināt Putina ietekmi pār Krievijas oligarhiem.
Tiesa izskatīja arī sūdzības par Krievijas varas iestāžu pārkāpumiem, izskatot lietas par JUKOS nodokļu parādiem, nelikumīgu un nesamērīgu aplikšanu ar nodokļiem un JUKOS galvenā naftas ieguves uzņēmuma "Juganskņeftegaz" piespiedu pārdošanu.
JUKOS cerēja, ka tiesa atzīs, ka Krievijas valdības rīcība ir bijusi nelikumīga, neproporcionāla, patvaļīga un diskriminējoša un novedusi pie maskētas kompānijas atsavināšanas.
ECT lēmums Krievijai ir juridiski saistošs. Krievija jau paudusi prieku par ECT otrdienas lēmumu.
Krievijas tiesa 2006.gadā kompāniju JUKOS pasludināja par bankrotējušu. Tās bijušais vadītājs Mihails Hodorkovskis un vairāki citi augsta ranga kompānijas darbinieki atrodas cietumā, jo atzīti par vainīgiem nodokļu nemaksāšanā, naudas atmazgāšanās un citos nodarījumos, lai gan Hodorkovskis uzsver, ka tā ir politiska vajāšana.
Lai izpildītu Krievijas varas iestāžu izvirzītās prasības samaksāt nodokļu parādus, JUKOS savulaik bija spiests sava galvenā naftas ieguves uzņēmuma "Juganskņeftegaz" akcijas pārdot mazpazīstamai kompānijai "Baikalfinansgrup", kuru drīz pēc tam pārņēma Krievijas valstij piederošais naftas uzņēmums "Rosņeftj", tādējādi kļūstot par lielāko naftas kompāniju Krievijā.
Atsevišķi izskatot bijušā JUKOS vadītāja Mihaila Hodorkovska sūdzību ECT maijā nosodīja Krieviju par izturēšanos pret bijuši naftas magnātu tomēr noraidīja apsūdzības, ka lieta pret Hodorkovski bijusi politiski motivēta.
Hodorkovskis 2003.gadā tika apcietināts. Viņš ir notiesāts par krāpšanu un viņa otrais cietumsods beigsies 2016.gada rudenī.