Laikā no 2008.gada līdz pērnā gada 1.oktobrim FM intensīvi tika palielināts darbinieku skaits, radās daudz jaunu vadītāju. Oktobra sākumā vairāk nekā trešdaļa FM un Valsts kases darbinieku bija vadītāji.
FM Komunikācijas nodaļas vadītāja Baiba Melnace skaidro, ka 2007. un 2008.gadā valstī bija liels darbaspēka pieprasījums un, tikai nodrošinot konkurētspējīgu atalgojumu, ministrija varēja piesaistīt un noturēt kvalificētus darbiniekus. Bet 2009.gadā FM ir samazinātas algas atbilstoši visiem valdības lēmumiem, un šā gada pirmajā pusē FM plānota reorganizācija.
2008.gada beigās un 2009.gada sākumā FM strādājošajiem tika paaugstināta alga par 9-22%. Kā pamatojums norādīti papildu pienākumi, kas gan sakrīt ar tiešajiem darba pienākumiem. Turklāt ar tādu pašu pamatojumu tika piemaksāts par virsstundu darbu. Pērnā gada augustā visiem FM darbiniekiem tika samazināta alga par 20%, tomēr, ņemot vērā iepriekš veikto palielinājumu, atsevišķiem ministrijā strādājošajiem būtībā alga ir tikai augusi.
VK arī secina, ka savlaicīgas plānošanas dokumentu neapstiprināšanas dēļ par 18 mēnešiem aizkavējās Eiropas Savienības fondu naudas apgūšana. Naudas apguve bijusi lēna līdz pērnā gada rudenim, tomēr līdz gada beigām process noritējis strauji, pat apsteidzot plānotos mērķus. VK izsaka šaubas par to līdzekļu apgūšanas efektivitāti, kas FM pieejami kā tehniskā palīdzība ES fondu administrēšanā. Proti, par šo naudu rīkoti dažādi semināri, kam ar ES naudas apguvi nav tiešas saistības, bet 1,2 milj. latu vērtajai ES fondu vadības informācijas sistēmai konstatētas dažādas nepilnības.u