Prototype galvenā varoņa likteni izšķīris kāds ģenētiski veidots vīruss. Vēloties noskaidrot atbildīgos, Alekss Mersers kļūst par neapturamu «kara mašīnu», kam atšķirībā no līdzīgiem projektiem atriebi nekas neierobežo.
Spēles būtība ir rast atbildes nebeidzamās kaujās, iznīcinot gandrīz visu - sākot ar civiliedzīvotājiem un beidzot ar tankiem. Jau sākumā kļūst skaidrs, ka šeit katram būs iespēja izpausties pēc sirds patikas. Slavējama ir izstrādātāju nopietnā pieeja spēles procesam, jo zem šķietami banālajiem slaktiņiem slēpjas visnotaļ plaša un interesanta varoņa izaugsmes sistēma ar plašu prasmju un iespēju klāstu.
Spēle ir veidota divās lielās daļās - viena ir projekta galvenā sižetiskā līnija, bet otra ietver papildu uzdevumus un slēpto objektu meklēšanu. Tādējādi būs iespēja iegūt dažādas priekšrocības pār pretiniekiem. Šī daļa ir ļoti būtiska evolūcijas punktu krāšanai, kas nodrošinās izaugsmi. Savdabīga ir varoņa atmiņu ķēde, kas veidojas no pārmantotām pretinieku atmiņām, un liks padomāt par nākamo rīcību.
Tik daudz labu vārdu nevar veltīt projekta vizuālajam un skaņas noformējumam. Pirmkārt, Prototype piedāvā ļoti maz vizuālo un skaņas iestatījumu. Otrkārt, ņemot vērā aktīvo objektu milzīgo daudzumu, izstrādātāji ir krietni ierobežojuši izšķirtspējas pieejamību ar 256 un 320 MB videokartēm. Savukārt, 512 un 1024 MB videokaršu īpašniekiem būs problemātiski darbināt šo spēli augstas izšķirtspējas režīmos. Salīdzinot, piemēram, GTA IV aktīvo objektu daudzumu, Prototype to pārspēj vismaz 10 reižu. Tādēļ, ja vēlaties baudīt visus labumus, teiksim, 1680x1050 punktu izšķirtspējā, būs nepieciešams izcili jaudīgs dators.
Prototype ir viena spēlētāja spēle, kas ieinteresēs Devil May Cry, Assasins Creed, GTA, LA: True Crime cienītājus.