Tagad rekonstruētās telpas stāv tukšas, jo naudas, par ko tās piepildīt ar vajadzīgo aparatūru, centram nav un tās piesaistīšana ir apdraudēta. Proti, Finanšu ministrijas (FM) rosinātie grozījumi Eiropas Reģionālās attīstības fonda (ERAF) programmas apakšaktivitātes Zinātnes infrastruktūras attīstība finanšu plānā paredz radikāli samazināt nacionālā publiskā līdzfinansējuma apjomu, kas apdraud iespēju apgūt zinātnes infrastruktūrai paredzēto ES naudu.
Kopējais aktivitātes finansējums ir teju 172 miljoni eiro, no kuriem ERAF nauda ir 146 miljoni eiro, savukārt nacionālais publiskais līdzfinansējums - 25 miljoni eiro. FM priekšlikums, ko atbalstījusi arī koalīcijas darba grupa, kurā ietilpa virkne ministru, paredz ievērojami samazināt nacionālā līdzfinansējuma apjomu, nosakot, ka 39 miljonu līdzfinansējumu veido privātie līdzekļi. Pirmajā kārtā uz finansējumu varētu pretendēt projekti, kuri saistīti ar komercdarbību. Šajos projektos pusi finansējuma veido ERAF līdzekļi, savukārt otra puse jāsagādā projektu pieteicējiem, tātad institūtiem un uzņēmumiem. Otrajā kārtā uz finansējumu varēs pretendēt nesaimnieciskie projekti, kur pašiem institūtiem jānodrošina 15% līdzfinansējums. FM pārstāvis Aleksandrs Antonovs otrdien apgalvoja, ka tas nav mēģinājums taupīt uz zinātnes rēķina, bet gan vēlme veicināt zinātnieku sadarbību ar uzņēmējiem. Tomēr zinātnisko institūciju vadītāji ieceri uzskata par nepārdomātu, jo projektu līdzfinansējumu nodrošināt nav iespējams ne vienā, ne otrā gadījumā. Latvijas Zinātnes padomes priekšsēdis Elmārs Grēns stāsta, ka institūti visu pašu nopelnīto naudu, kuru neaizsargā kontrakti, izmantojuši kā līdzfinansējumu citiem ES projektiem, tāpēc tiem šādas naudas nav. Arī uzņēmumiem nav tik daudz naudas, lai nodrošinātu 39 miljonu eiro līdzfinansējumu, turklāt no Izglītības un zinātnes ministrijas valsts sekretāra vietnieces Laumas Sīkas teiktā izriet - uzņēmējiem būtu jāmaksā par zinātnes infrastruktūru, kas nonāktu nevis to īpašumā, bet paliktu zinātniskajos institūtos. Uzņēmēji neieguldīs iekārtās, kas nepiederēs viņiem, bet institūtiem, atzina Latvijas Ķīmijas un farmācijas uzņēmēju asociācijas valdes priekšsēdis Vitālijs Skrīvelis.
FM ieceri par lielu muļķību vai rafinētu viltību sauca arī Saeimas atbildīgās komisijas priekšsēdis Jānis Strazdiņš (ZZS), akcentējot, ka nopietni apdraudēta ES naudas apguve. Savukārt Ekonomikas ministrijas valsts sekretāra vietnieks Andris Liepiņš pieļāva, ka, iespējams, tiešām jāmaina finansēšanas modelis, lai institūtiem būtu finansējums aparatūras iegādei, taču joprojām jāsaglabā princips, ka tiek iegādātas tādas iekārtas, kurām prognozējams pieprasījums no uzņēmēju puses.