Audita rezultātā konstatēti manipulācijas riski, kas rada šaubas par ekspertu ziņojumu patiesumu. R. Ķīlis norāda, ka vairāki eksperti audita norises laikā ir apliecinājuši parakstīšanos uz tukšas lapas, kas ir pretrunā ar normatīvajiem aktiem un rada iespējas veikt manipulācijas ekspertu ziņojumos bez viņu ziņas. Viņš arī norāda, ka ziņojumos parakstījušies vairāk ekspertu vai, piemēram, ziņojumā norādīto ekspertu vietā parakstījušies citi.
Pārkāpumi atklāti arī ekspertu atlasē - atsevišķi eksperti vērtēja studiju programmas neatbilstoši savai kompetencei un kvalifikācijai, kā arī atklāts gadījums, kad darba līgums ar ekspertu noslēgts un studiju programmu vērtēšana veikta pirms eksperta apstiprināšanas.
R. Ķīlis sola vērsties arī Ģenerālprokuratūrā, jo auditori saskatījuši arī varbūtējus krimināla rakstura pārkāpumus.
AIP priekšsēdētājs Jānis Vētra uzsvēra, ka minētie apgalvojumi ir apmelojumi un neviens no minētajiem apgalvojumiem nav apstiprināts ar dokumentiem, kur AIP varētu iepazīties ar audita rezultātiem. «Uz pilnīgi visiem minētajiem faktiem var vienkārši un bez problēmām atbildēt, kāpēc ir tieši tā, jo vai nu ir fakti, kuri ir nepareizi interpretēti, vai vienkārši ir kaut kādas muļķības sarakstītas,» norādīja J. Vētra. Kā piemēru viņš min, ka nav neviena eksperta, kas varētu pateikt, ka ziņojuma teksts neatbilst tam, par ko eksperti ir vienojušies, tāpēc viltojuma iespējamības neesot.
Pēc R. Ķīļa domām, pastāv trīs iespējamie risinājumi: turpināt akreditācijas procesu, izmantojot procesa rezultātus, daļēji izmantot projekta rezultātus vai arī atteikties no projekta ietvaros gūtajiem datiem. Kā labāko variantu ministrs norāda daļēju projekta rezultātu izmantošanu, bet šādā gadījumā nepieciešams izvērtēt ekspertu ziņojumus. Latvijas Universitātes rektors Mārcis Auziņš piekrīt, ka bez nopietnas pārvērtēšanas projekta rezultāti nav izmantojami, bet, lai nekavētu akreditācijas procesu, būtu loģiski daļu projekta rezultātu pielietot.
J. Vētra šādu variantu uzskata par kaitniecisku ideju. «Tā ir vienkārši sabotāža attiecībā pret augstākās izglītības studiju virzienu akreditācijas sistēmas ieviešanu,» atklāj J. Vētra. Viņš uzskata, ka vislabākais risinājums būtu ekspertu vērtējumus ņemt tādus, kādi tie ir, un akreditācijas komisijai sākt strādāt. Savukārt R. Ķīlis norāda - ja studiju programmu akreditēšanas procesā pilnībā tiks izmantoti projekta rezultāti, pastāv būtiski tiesvedības riski, jo AIP apstiprinātā kārtība neparedz augstāko izglītības iestāžu apelācijas tiesības. Arī M. Auziņš norāda, ka šāda iespējamība ir jāņem vērā.