Pirmo reizi jaunradītajā prezidenta amatā E. Rahmons tika ievēlēts 1994. gadā. Pēc pieņemtajiem konstitūcijas grozījumiem, kas Tadžikistānas prezidenta pilnvaru termiņu pagarināja no pieciem uz septiņiem gadiem, viņš 1999. gadā tika pārvēlēts, saņemot 97% vēlētāju atbalstu.
2003. gadā E. Rahmonam ar referendumu izdevās panākt, ka pēc otrā prezidentūras termiņa beigām 2006. gadā viņš varēs kandidēt vēl uz diviem secīgiem termiņiem.
Pēdējās prezidenta vēlēšanās 2006. gadā valsts galva guva pārliecinošu panākumu, jo par viņu nobalsoja 79% balsstiesīgo vēlētāju.
Kaut gan Tadžikistānā oficiāli ir daudzpartiju sistēma, reāli parlaments atrodas E. Rahmona vadītās Tautas demokrātijas partijas rokās. Pirms pēdējām parlamenta vēlēšanām 2010. gadā valdība bloķēja pieeju vairākām prezidentu kritizējošām interneta vietnēm un starptautiskajiem ziņu portāliem. Eiropas Drošības un sadarbības organizācija ziņoja, ka varasiestādes uzsūtījušas nodokļu inspektorus vairākām neatkarīgajām tipogrāfijām, tādējādi panākot to slēgšanu un liedzot iznākt vairākiem neatkarīgajiem preses izdevumiem.
E. Rahmona ģimene kontrolē visus lielākos valsts uzņēmumus un ir iedzīvojusies lielā bagātībā, taču vairums valsts iedzīvotāju cieš nabadzību.